分子力学計算（spartan）の使用法 　諏訪敏弘　作成　平成12年

1．測定前にすること
左側のコンビユーターで以下のコマンドを入力
1ogin name→baba
passward→baba%%%
画面がかわり、デスクトップ上にspartanのアイコンが現れる。
「spartan」のアイコンをダプルクリック「spartan」起動
※ 右側のコンピユーターで「spartan」を使用する場合
右側のコンピユーターには「spartan」は、入ってないが左側のコンピユーターにログインして使用する。
・ ログイン方法
以下のコマンドを入カ
r1ogin　jikken2
passward baba%%%
次に「system→utility→enable remote display」の順に選択することで新しい画面か現れる。

2．「spartan」使用法
「file→new」で黒い画面が現れる。→分子構造を描く
（既に構造を描いている場合には「build→edit structure」で直前に描いた分子モデルが現れる）
　 minimizeで最適化
・ 構造を描いたあと
「setup→semiEmpilica1」を選択→この「semiEmpiricaI」とは、半経験的手法である。
ab initioとは異なるがある程度の予想を立てることは可能。
・ Task→「Geometry Optimization」を選択（構造についても最適化を行う）
・ ModeI→「PM3」（or AMl）どちらを選択するかについては、よくわからない。
・ 「solvent」は「none」のまま。
・ その他については、詳細な検討を行う場合には入カするが、現在のレベルでは設定不要。
「setup→property」を選択→計算後、書ぎ出すデータを設定
print画面で、「MO's」、「Mulliken」を選択。
MO's→分子軌道
Mulliken→原子の電荷の計算法。Mullikenという人が提案した方法。
「submit」を選択 (Set up)
　その後、2回ほど確認を要求されるが、よくわからないままsubmitしていけばよい。
計算終了

3．計算終了後のデータについて
　　計算終了後のデータば、fetchによってデータを落とすことが可能。Display→output
　　そのデータを再び送ることで、あとからでも再び構造等の情報を得ることが可能なので、測定後は必ず、データのダウンロードをしておく。
　　また、分子モデルについては「SPARTAN」使用中に「file→export」で「file type」を「PDB」にして保存することにより、ぞの「PDB」ファイルばあとで「Chem3D」を使用することで確認可能。

4．コンピユーター使用終了「Desktop→Logout→Yes」で元の画面に戻る。
画面は自動的に消える。